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這一步完全可以購買供細胞或組織使用的DNA提取試劑盒，如果實驗室條件成熟，自己配試劑提取完全可以。DNA比較穩定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因組DNA應該是完整的。
此步重點在于DNA的純度，即減少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取過程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除兩者。
使用兩者的細節：
1、蛋白酶K可以使用滅菌雙蒸水配制成20mg/ml；
2、RNA酶必須要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在購買市售RNA酶后進行再處理，配制成 10mg/ml。否則可能的后果是不僅沒有RNA，連DNA也被消化了。兩者均于-20℃保存。
驗證提取DNA的純度的方法有二：
1、紫外分光光度計計算OD比值；
2、1%-1.5%的瓊脂糖凝膠電泳。
第二種方法優于第一種方法，這種方法完全可以明確所提基因組DNA的純度，并根據Marker的上樣量估計其濃度，以用于下一步的修飾。
