微衛星標記STR/SSR

背景介紹

微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重復序列（STR）或簡單重復序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據片段大小分離等位基因進行分析；擴增后的等位微衛星可以用多種方法檢測，傳統方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。閱微基因基于5年的經驗，利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測，結合分子量內標進行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結果也更加精確。

服務項目

１．SSR引物開發
通過富集微衛星序列，開發出20-30條具有一定重復特征的微衛星序列，并且對序列進行多態性和特異性驗證。

２. 引物篩選
選取部分代表性樣本，利用普通引物進行PCR擴增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息（圖1）。

圖1. 用島津MultiNA芯片電泳儀進行引物篩選的結果

３．樣本批量擴增
用帶有熒光標記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴增需求。
４．測序儀檢測
帶有熒光標記的PCR產物進行稀釋后與分子量內標混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，并得到原始數據（fsa文件，見圖2）。

圖2.　應用3730xl測序儀檢測得到的原始圖譜

５．原始數據分析
編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。

圖3.　GeneMapper軟件分析后的電泳圖譜

６．群體遺傳學分析
利用生物信息學軟件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）對上述數據進行進一步分析，繪制遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態性等。

送樣要求

細胞（≥10⁶）、組織（≥300mg）、血液（≥1mL）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）；引物信息、片段長度范圍、瓊脂糖電泳圖等。

提供結果

引物、微衛星分析的原始數據以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結果等。

成功案例